Wetenschappelijk onderzoek naar bomen wordt binnen Nederland met name uitgevoerd door of in samenwerking met Wageningen Universiteit Research (WUR). Met name Alterra en PPO zijn voor onderzoek rond bomen en hun omgeving van groot belang.

Alterra richt zich veelal op wetenschappelijk onderzoek o.a op het gebied van bos, natuur en groene ruimte. Zij verricht strategisch en toegepast onderzoek ten behoeve van beleid, beheer en ontwerp van de groene ruimte op lokale, regionale, nationale en internationale schaal.

PPO verzorgt voornamelijk praktijkgericht onderzoek, waaronder het testen en ontwikkelen van producten. Hierbij heeft PPO de toegang tot de kennis die ontwikkeld is door andere onderdelen van Wageningen UR.